Aparatura badawcza

Laboratorium Proteomiki i Spektrometrii Mas (CF3C), działające w ramach Centrum CEPHARES, oferuje m.in. komercyjne usługi badawcze z zakresu proteomiki oraz obrazowania molekularnego tkanek przy użyciu techniki MALDI. Laboratorium wyposażone jest w wysokorozdzielczy spektrometr masowy ultrafleXtreme (firmy Bruker Daltonics ), będący najnowszym osiągnięciem technologicznym w dziedzinie spektrometrii mas typu MALDI-TOF/TOF. Ten zaawansowany technologicznie spektrometr  gwarantuje najwyższą jakość w analizach proteomicznych, detekcji biomarkerów oraz obrazowaniu molekularnym metodą MALDI. Urządzenie to jest idealnym narzędziem w badaniach obejmujących następujące zagadnienia :

• identyfikację białek z żelu poliakrylamidowego
• identyfikację i analizę ilościową białek metodą LC-MALDI (z zastosowaniem metod znakowania izotopowego, głównie iTRAQ, ale również ICAT)
• zaawansowane analizy biomarkerów
• obrazowanie tkanek techniką MALDI w celu zbadania dystrybucji przestrzennej różnego rodzaju związków biologicznie aktywnych
• sekwencjonowanie de novo peptydów

Kierownik Modułu: dr Przemysław Mielczarek, mielczar@if-pan.krakow.pl

Dostępny w Laboratorium Proteomiki i Spektrometrii Mas – automatyczny system kapilarnej wysokosprawnej chromatografii cieczowej (nano-LC), firmy Bruker Daltonics umożliwia wykonywanie rozdziałów chromatograficznych dla złożonych próbek biologicznych, w tym analiz dwuwymiarowej chromatografii cieczowej (2D-LC). System może służyć jako moduł przygotowania próbki przed pomiarami w spektrometrze MALDI-TOF/TOF. Rutynowo stosowany w analizach proteomicznych pozwalających na identyfikację białek.

Kierownik Modułu: dr Przemysław Mielczarek, mielczar@if-pan.krakow.pl

Laboratorium Obrazowania Mikroskopowego dysponuje wysokiej klasy mikroskopem do wysokorozdzielczego obrazowania preparatów biologicznych

Mikroskop dwufotonowy Leica Stellaris Dive – mikroskop prosty dwufotonowy, którego głównym przeznaczeniem są badania elektrofizjologiczne ex vivo (Patch clamp, fotoaktywacja, fotouwalnianie) oraz obrazowanie w głąb oczyszczonej nienaruszonej tkanki (deep tissue imaging). Mikroskop wyposażony jest w przestrajalny laser Insight X3 (Spectra physics) w zakresie 680-1300 nm ze stałą wiązką 1045 nm. Detekcja spektralna. W przyszłości system będzie doposażony w aparaturę do obrazowania in vivo.

Kierownik Modułu: dr Julita Wesołowska, jwesolow@if-pan.krakow.pl,tel.: 12 334 37 09

Laboratorium Obrazowania Mikroskopowego dysponuje wysokiej klasy mikroskopem do wysokorozdzielczego obrazowania żywych komórek.

Mikroskop konfokalny Leica TCS SP8 X – mikroskop odwrócony wyposażony w biały laser oraz detektory hybrydowe HyD i PMT. Możliwość wzbudzenia dowolnego fluoroforu w zakresie 405 nm – 600 nm, detekcja spektralna, obrazowanie hybrydowe: szerokopolowe i konfokalne. Komora środowiskowa zapewnia utrzymanie optymalnych warunków do wielogodzinnego obrazowania żywych komórek, prowadzenie eksperymentów FRAP, FLIP oraz FRET. Oprogramowanie mikroskopu zapewnia m.in. standardowe obrazowanie preparatów w jednej płaszczyźnie XY, trójwymiarową rekonstrukcję obrazu poprzez precyzyjne skanowanie przekrojów optycznych w osi Z, czy obrazowanie jednej płaszczyzny w czasie – XYt. Ogromną zaletą systemu jest moduł Navigator, umożliwiający uzyskanie obrazu dużych powierzchni (tj. skrawek tkanki) w stosunkowo szybkim czasie, wybór interesujących obszarów w całym preparacie oraz zautomatyzowane skanowanie i kalibrację naczyń hodowlanych.

Kierownik Modułu: dr Julita Wesołowska, jwesolow@if-pan.krakow.pl,tel.: 12 334 37 09